Прошло совсем немного времи с того момента, как Наруто вернулся в Коноху после путешествий с Джирайей и застал своих друзей, да и саму деревню довольно-таки изменившимися. Но он всё так же одержим идеей вернуть Саске.
Сам же Саске покинул деревню Звука, чуть не убив Орочимару и прихватив с собой трёх союзников - Карин, Дзюго и Суйгетсу. Орочимару же, в своём нынешнем состоянии, разрабатывает множество планов - по захвату Саске, или же поиску замены младшего Учихи, разрушению Конохи и захвата Акацуки изнутри. Но, всё эти планы строятся им где-то в тёмных лесах Кири, в которых он сейчас скрывается. Верный же его помощник Кабуто пытается его разыскать, одновременно с этим занимаясь делами селения.
Акацуки же, о которых упоминалось ранее, в данный момент пополняют свои ряды новыми участниками, а так же, продолжают разыскивать хвостатых зверей, для осуществления захвата мира. Их "лидер" Пейн в данный момент отсутствует в организации, обосновав свой уход тем, что собирается найти подходящие кандидатуры и ничего толком никому не объяснив. В итоге, о его отсутствии знают только Тоби и посвящённая в его дела Конан. Остальные же пребывают в полной уверенности, что их Лидер продолжает властвовать и парами отправляются на задания, которые им дают вышеуказанные осведомлённые лица.
Учиха младший, о котором писалось выше, прихвативший с собой нескольких союзников, решает организовать собственную организацию - Таки, для того, чтобы уничтожить Коноху и своего старшего брата, идеей мести которому он до сих пор бредит. Но, пока что, все успехи этой организации заключаются лишь в том, что они организовали своё небольшое убежище в селении скрытой Травы.